Ich halte die Ernährung als Ursache für am wahrscheinlichsten.
Mein erster Gedanke war eine Allergie, vielleicht auf einem bestimmten Stoff im Trockenfutter (Getreide, Futtermilben, Konservierungsstoffe, etc.) oder auch auf eine bestimmte Fleischsorte. Theoretisch könnte dies aber etliche Ursachen haben. Ggf passt das auch mit dem Durchfall zusammen, den er ja bei vielen Futtern hatte. Markus Mühle ist eventuell das kleinere Übel, aber immer noch nicht ideal.
Wenn du das herauszufinden willst, müsstest du eine Ausschlussdiät machen.
Mich würde allerdings auch ein Nährstoffmangel nicht wundern. Immerhin war er lange Zeit unterversorgt und nicht immer ist es möglich, einen Mangel innerhalb weniger Wochen auszugleichen. Dies könnte man eventuell auf einem Blutbild sehen, oder einfach schauen, welches Futter alternativ in Frage kommt.
Ansonsten ist er vielleicht auch sehr empfindlich, wenn es um Chemie geht? Anfangs hatte er Flohpulver, geimpft wurde er auch, dann gab es jetzt wieder Spot-on etc. Möglicherweise äußert sich dies dann im Juckreiz?
Eine andere Möglichkeit für häufiges Kratzen ist Stress. Ich vermute aber, dass du dies erkennen würdest. Primär kratzen sich Hunde dann nämlich in für sie unangenehme Situationen, es wäre also recht leicht ein Muster erkennbar.